首先两个是不同单位的。项目总监是监理工程的，项目经理负责运作工程的。项目总监指的是项目监理的总负责人，是对工程项目是否按规范和合同施工起监督作用的监理方；而项目经理是对工程项目的施工进度，施工质量等负责的施工方，是受监理监督的，两者根本就是完全不同的两个方面。
工程监理是外单位派来履行监理合同的监理机构，工程部总监是本单位派来监督指导工程部工作的高级管理人员。故两者有内外之分。这种情况在房地产行业最为普遍。房地产公司在项目上设工程部，派驻总监；又招标委托工程监理公司来监理项目，监理公司派驻总监（总监理工程师），组建项目监理机构，对项目进行监理。
房地产工程部的总监不一定有国家的监理工程师注册证书，但监理公司的总监却一定要有注册证书才行。两者在责任和工作内容上也有很大的区别。监理公司的项目总监与施工单位的项目经理及房地产公司的项目法人代表三者共同对项目负责，地位平等，权利和义务也相当。
而工程部总监尚在项目法人代表的管理之下，权责自然小很多。
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