妊娠小鼠灌胃给予甲硝唑(按体表面积一次60mg/㎡,大约为临床用量的10%),一日一次,不产生胎儿毒性。但在单剂量腹膜内给药动物研究中曾出现宫内死亡现象,不能确定是否与用药有关。由于对妊娠妇女缺乏深入的对比性研究,而且动物研究并不总是可以预示人类的反应,同时甲硝唑又是啮齿动物的致癌剂,并且甲硝唑可迅速通过胎盘屏障进入胎儿循环,因此妊娠三个月内应避免使用。
由于甲硝唑可经乳汁分泌,浓度与血浆中相似,而且由于小鼠和大鼠用甲硝唑后肿瘤发病率升高,因而需根据药物对母体的重要性权衡利弊来决定终止哺乳或停止用药。