导致流产的原因很复杂，是多种的，早期流产较为常见的原因为染色体异常、内分泌异常、子宫发育不良或畸形。
一、染色体异常染色体异常包括染色体数目异常，如单体、三体、多倍体;结构异常，如断裂、缺失、易位均可致流产。有人对自然流产和治疗性流产进行染色体的研究，发现在自然流产中核型异常者占60%。核型异常者每伴有胎儿或胎盘等一种结构上的异常。而核型正常者流产的胎儿多正常。
二、内分泌失调雌激素过多与孕酮不足亦为早期流产的原因。因在妊娠12～14周正处于胎盘形成代替妊娠黄体功能的时期，易有内分泌失调，尤以黄体功能不足。此外，甲状腺素缺少，使细胞的氧化过程遭受障碍，以及甲状腺机能亢进与糖尿病等皆易发生流产。
三、胎盘异常与胎盘内分泌不足早期妊娠时的蜕膜炎可使底蜕膜出血或增生，绒毛上皮细胞及蜕膜细胞被溶解，绒毛内血管阻塞，影响营养物质的吸收与运送，以致孕卵从附着处分离、出血而流产。此外如胎盘内巨大梗塞可使胎盘功能降低，影响胎儿生存;而前置胎盘、胎盘绒毛水肿变性致成流产者亦不少见。妊娠后母血中β-hCG、hPL、P、E2、雌酮，早孕时如这些激素值下降，则50%流产。
四、血型不合由于以往妊娠或输血，致Rh因子、不合的ABO血型因子在母体中产生抗体，此次妊娠由胎盘进入胎儿体内与红细胞凝集而产生溶血，以致流产。
五、精神神经因素如惊吓、严重精神刺激等也都可致成流产。近年来通过研究认为，噪音与振动对人的生殖有一定影响。
六、母体全身性疾病
1、严重的急性传染病和感染疾病：如大叶性肺炎，多伴发生高热导致子宫收缩，或/和胚胎死亡均可致流产。
2、慢性疾病：严重贫血、心脏病、心力衰竭可引起胎儿缺氧、窒息而死亡;慢性肾炎、严重高血压可使胎盘发生梗死或早剥离而引起流产。
3、营养不良或药物中毒：如维生素缺乏，特别是维生素E—生育醇的缺乏，汞、铅、酒精及吗啡等慢性中毒，均可引起流产。
七、生殖器官疾病子宫畸形，如双角子宫、子宫腔纵隔，常为流产的原因。
八、免疫因素对原因不明者，近年来研究发现多数与免疫因素密切相关。
