尖锐湿疣危害主要表现在尖锐湿疣和生殖器癌之间有着很密切关系。有报告5%到10%的宫颈、外阴、肛周的尖锐湿疣经过一段时期后会出现变化、发展为原位癌或是浸潤癌。还发现5%女性外阴癌、15%男性生殖器癌是在原尖锐湿疣基础上发生的。实验室研究也进一步表明，尖锐湿疣、HPV、生殖器癌三者之间存在着因果关系。所以患尖锐湿疣后，一定要积极治疗，彻底根治。
感染上HPV的妇女，相对于正常人来说增加了感染上宫颈癌变可能，医学界很习惯把感染HPV病毒患者视为癌变的人群，这部分人定期要做相关的检查，以便早期发现癌前。这其中不但包括女性尖锐湿疣，也包括男性尖锐湿疣患者的伴侣，因其受到HPV感染的可能性很大，尽管她可能没有长出外生的疣体。
