病毒感染人体后，可潜伏在基底角朊细胞间，在表皮细胞层复制，HPV侵入细胞核，医学教|育网搜集整理引起细胞迅速分裂，同时伴随病毒颗粒的繁殖与播散，形成特征性的乳头瘤。晚期基因表达结构多肽，即出现结构蛋白装配颗粒，病毒主要集中在颗粒层中的细胞核内，在表皮的颗粒层出现凹空细胞增多，组织学上正常的上皮细胞也有HPV，治疗后残余的DNA常可导致疾病的复发。
在临床治疗过程中，医生只能清除用禸眼能看到的那部分疣组织，而对禸眼看不见的病变则无法予以清除。且经过一段时间后，禸眼无法看到的病变就可能会发展为禸眼能见的疣组织。
