急性间质性肾炎的形态学特点是:间质单核细胞浸润(尤其是皮质部),嗜酸性粒细胞(尤其在药物引起者中)和少量嗜中性粒细胞也可以存在;炎症细胞可侵入小管壁,重症者可有区域性肾小管坏死;炎症可呈斑片状或弥漫性,其范围常与肾功能损害程度相关;间质常有水肿,急性期并无纤维化;除少数可有系膜增多外,肾小球常完好。目前研究证实,肾内浸润的单核细胞是T淋巴细胞,包括辅助/诱导细胞和抑制/细胞毒细胞都存在。这些观察提示T细胞介导的迟发超敏反应和细胞毒T淋巴细胞损伤作用都参与了本病的发病机理。在免疫荧光检查中可见部分病例间质和肾小管基底膜上有免疫球蛋白和补体沉积,在电镜下则为电子致密物,提示系免疫复合物。少数病人可见小管基底膜上有IgG和C3线状沉积,提示抗肾小管基底膜抗体也参与了本病的发病机理。