扁桃腺位于咽峡部两侧软腭低处隐窝内，是咽部较大的淋巴组织，形如杏核。扁桃腺是产生淋巴细胞的部位，所以也能产生抗体。扁桃腺有病变时，这些淋巴组织往往肿大，突出隐窝，突入咽腔。3度以上的扁桃腺体几乎接近悬雍垂，使咽峡缩窄，影响食物的吞咽。
扁桃腺发炎的原因是由于细菌和病毒的感染，其中细菌感染更多见。病原菌多为溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌。这些细菌通常存在于人的咽部和扁桃腺隐窝内，在正常情况下，由于扁桃腺表面上皮完整和粘液腺的不断分泌，可将细菌同脱落上皮细胞从隐窝口排出，因此保持着机体的健康。
当机体因过度疲劳、受凉、局部受到物理或化学因素的影响后，抵抗力下降时，扁桃腺的血运减少、腺体分泌机能下降，上皮防御能力降低，细菌即乘虚而入，滋生繁殖，致使扁桃腺发炎。
扁桃体炎也与季节有关，如冬春季节，天气变化无常，儿童容易受凉、感冒，所以他们最容易患急性扁桃体炎或慢性扁桃体炎急性发作。
