掌上电脑的核心是操作系统,市场上的掌上电脑主要采用两类操作系统:一类是日趋完善的Palm操作系统,使用Palm系统的掌上电脑在世界市场份额中占到65%以上,主要有Palm、IBM的Workpad、Sony的Clie和TRGpro、handspring等palm电脑,另一类则是微软Windows CE系列,虽然起步晚,但已经打破了Palm OS一统天下的局面,而且由于Win CE授权比较广泛,国内大部分掌上电脑都是使用Win CE系统,包括国内的联想、方正以及国外的HP、COMPAQ等公司都有Windows CE掌上电脑推出。作为两大操作系统,采用PalmOS的产品电池使用时间比采用Win CE的产品长;配置彩色显示屏的产品没有单色显示屏产品的电池使用时间长;在多媒体性能上,Win CE要比Palm好一些;而且操作界面与应用性能上,wince可以让用户更易上手;另外,在软件的数量上,Palm要比Win CE多一些。