甲亢对妊娠有负面影响，可能会导致流产、早产等等。同时，如果甲亢药物治疗稍有偏差，还会引起胎宝宝甲亢、胎宝宝甲状腺肿大，甚至胎宝宝甲减，影响胎宝宝的大脑发育。
一般而言，对于病情较轻者可适当用抗甲状腺药物（他巴唑或丙基硫氧嘧啶）加以控制，继续怀孕。如何控制，则大有讲究。用抗甲状腺药物治疗甲亢的目的是使母亲的甲状腺功能控制在轻微甲亢状态或正常上限水平，并预防胎儿发生甲亢或甲低。在妊娠的不同时期，抗甲状腺药物的用量具体如下：
1、妊娠早期
妊娠1-3月时胎儿的甲状腺尚未发育成熟，不具备吸碘功能，此时可用充足的抗甲状腺药物治疗。所用的剂量应能尽快控制甲亢症状，以利妊娠中、后期减量。
2、妊娠中期
妊娠4-6月，胎儿的甲状腺功能基本发育成熟，抗甲状腺药物应减至较小剂量。因抗甲状腺药物均可以通过胎盘，大剂量使用时，可引起胎儿甲状腺肿和甲状腺功能低下，影响大脑发育，甚至发生克汀病。故此时甲亢症状不宜控制太严格，可保持甲状腺功能处于较正常稍高的水平。
3、妊娠后期
妊娠7-9月及胎儿出生前的一段时间，此时是大脑发育的关键，抗甲状腺药物的用量应进一步减小或停用。
4、哺乳期
由于抗甲状腺药物能进入乳汁，可造成婴儿甲状腺功能低下，影响大脑发育，故哺乳期妇女应停用抗甲状腺药物。若因病情需要，必须服用抗甲状腺药物，则应停止母乳喂养，而采用人工喂养。
