患者罹患泌尿系统 结石的内在因素有很多，常见的有如下几点。(1)代谢异常：泌尿系统结石大多是由人体代谢产物构成， 不同成分的结石可以反映体内相应成分的代谢异常。尿液内常见的 成石成分包括钙、草酸、尿酸和胱氨酸等，任何生理紊乱引起这些 成石物质在尿液中排泄过多而致尿中高度过饱和（或）其结晶抑制因子缺乏时，都有可能启动结石形成和促进结石生长。
(2)尿路感染：由尿路感染引起的结石在临床上称为感染石。最常见的病原菌是变形杆菌。这种可产解脲酶的细菌能将尿素分解为氨和二氧化碳。氨被水合成为氢氧化铵之后，尿pH值明显升高，从而促进结石的形成。(3)尿路梗阻：尿路梗阻有时也会导致结石形成。梗阻可引起近端尿路扩张和尿液滞留，随着尿液浓缩而使成石物质过饱和；梗阻还可使结石近端尿路的尿流动力发生改变，在局部产生涡流现象，促使成石物质发生沉淀，体积不断增大，最终形成病理结石。
常见的梗阻原因有肾盂输尿管连接处狭窄和前列腺增生等。肾脏先天性解剖异常亦可引发结石形成，如海绵肾、多囊肾及马蹄肾等，除此之外，长期卧床的病人因尿路引流迟缓和骨质脱钙亦可引发尿路结石。(4)尿路异物：异物可以作为诱发尿液中各种成石物质的沉淀和附着。
异物一般是置入尿路的各种导管、内支架或手术时遗留在尿路的丝线，也可以是人为经尿道塞入膀胱的各种铁丝、木条和发卡等。
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