FAT32，多种操作系统支持此格式，支持长文件名，
NTFS，安全性较高，DOS下文件不可见，只有Windows NT/2000/XP才能识别NTFS系统，Windows 9x/Me以及DOS等操作系统都不能支持、识别NTFS格式的磁盘。
建议：
在系统的安全性方面，NTFS文件系统有很多FAT32文件系统所不具备的优点，而且基于NTFS的Win 2000运行要快于基于FAT32的Win 2000；而在与Win 9X的兼容性方面，FAT32优于NTFS。
* 如果要在Win 2000中使用大于32GB的分区的话，那么只能选择NTFS格式。
** 如果计算机作为单机使用，不需要考虑安全性方面的问题，更多地注重与Win 9X的兼容性，那么FAT32是最好的选择。
*** 如果计算机作为网络工作站或更多的追求系统的安全性，而且可以在单一的Win 2000模式下运行，强烈建议所有的分区都采用NTFS格式；
**** 如果要兼容以前的应用，需要安装Win 9X或其它的操作系统，建议做成多启动系统，这就需要两个以上的分区，一个分区采用NTFS格式，另外的分区采用FAT32格式，同时为了获得最快的运行速度建议将Win 2000的系统文件放置在NTFS分区上，其它的个人文件则放置在FAT32分区中。
选哪一种就随你的需要和喜好了。
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