强直性脊柱炎晚期对心脏影响严重，它会造成心脏主动脉瓣关闭不全。重症强直性脊柱炎患者或晚期患者有3.5%～10%发生主动脉瓣关闭不全。
主动脉瓣关闭不全、心脏扩大、传导阻滞是晚期强直性脊柱炎的一种转归。心脏近端主动脉环扩张，主动脉瓣纤维化短缩变厚，很少出现融合现象，组织学检查有淋巴细胞和浆细胞等炎性浸润，伴有纤维瘢痕。炎症和纤维化累及主动脉近端数厘米。
强直性脊柱炎患者的心肌也可以发生纤维化病变，纤维组织可以进入心间隔，侵犯房室束，导致心脏传到阻滞性心律失常。
强直性脊柱炎晚期还会累及肋骨，影响肺功能，引起患者咳嗽、咳痰、呼吸困难等症状。X线片显示双侧肺不张，肺功能下降。肺排痰功能下降，可以出现肺部弥漫性斑片状阴影。开始为间质性肺炎、肺泡膜淋巴细胞和浆细胞浸润，进而发展为肺、胸膜纤维化，多形成空洞。肺炎可以继发真菌感染，常为强直性脊柱炎的死因之一
