1．非手术治疗：适用于结石小于 lcm，结石位置有向下移动倾向、肾功能无明显影响、无尿路感染的患者。
大量饮水，不仅增加尿量起到冲洗尿路、促进结石向下移动的作用，而且还可稀释尿液减少晶体沉淀；中草药治疗；针刺方法，针刺或电针肾俞、膀胱俞、三阴交、足三里、水道、天枢等可增加肾盂、输尿管的蠕动，有利于结石的排出；经常作跳跃活动，或倒立体位及拍击活动，也有利于结石的排出；其它积极治疗原发疾病以及调理尿的酸碱度等等。
这一方法只能应用于很少一部分结石病人，效果不能保证百分百成功，故也应做好选择其它方法的准备。
2．输尿管套石：在膀胱镜下用套石篮将结石拉出。适用于小的活动性的中下段输尿管结石。
3．体外冲出波碎石：主要适用于上段输尿管结石。
自从1980年首次应用体外冲击波治疗肾结石取得成功以来，这一方法发展迅速，在上尿路结石中的治疗作用已得到普遍承认。对具体病人的治疗，应根据患者年龄、结石大小、部位等，采用相应的碎石参数及辅助措施，以获得满意效果。
碎石以后，尚需进行利尿排石治疗，密切观察，以免形成“石街”现象，导致阻塞。
4．输尿管镜下取石或碎石：输尿管扩张后放人输尿管镜，见到结石用液电或超声碎石器碎碎之，结石也可直接用取石钳取出。最有代表性也是目前最先进的是钕激光结合输尿管镜或肾镜进行碎石和取石，其优点是微创或无创，对人体几乎无损害。且适合任何部位大小的结石，甚至包括胆囊结石，肝内胆管结石等，开创了结石治疗的新纪元。
5．气压弹道碎石术：气压弹道碎石术是微创治疗技术的一种，它颠覆了传统的结石治疗方法，其原理是将压缩气体产生的能量驱动碎石机手柄的子弹体，子弹体脉冲式冲击结石而将结石击碎。其能量转换无电能，很少产生热能，且冲击前后振幅不超过2mm，对粘膜只产生轻微而短暂的损伤，如轻度水肿、出血等，但并无长期影响。该治疗方法安全、高效、简便、并发症少，90%以上的结石病人都可以不开刀通过这种技术进行治疗。
6．手术输尿管切开取石：适用于结石大于lcm，且表面粗糙不能自行排出者，或有输尿管狭窄及感染的患者，结石引起尿流梗阻已影响肾功能、或经非手术疗法无效，无体外冲击波碎石条件者，应考虑手术治疗。原则上对双侧肾结石先取手术简便安全的一侧；一侧肾结石，另一侧输尿管结石，先取输尿管结石；双侧输尿管结石先取肾积水严重的一侧。对有严重梗阻、全身虚弱不宜行较复杂的取石手术者，可先行肾造瘘。术前术后必须应用消炎治疗。
切开取石，伤口大，出血多，一般只在不得已之时应用。术后恢复慢，住院时间长。
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