《类经·人之四海》载：“输、腧、俞，本经皆通用。”因此，腧穴又有输穴、俞穴之称，也有叫穴位、穴道或孔道的。按照中医基础理论，人体穴位主要有三大作用，它既是经络之气输注于体表的部位，又是疾病反映于体表的部位，还是针灸、推拿、气功等疗法的施术部位。穴位具有“按之快然”、“驱病迅速”的神奇功效。然而，穴位的实质究竟是什么呢？它真是人体的特殊结构吗？长期以来，人们对此推测纷纷，莫衷一是。
许多人从穴位的电学特性去探索它的本质。1950年，日本的中谷用12伏直流电通过人体皮肤，发现皮肤上存在某些导电量特别高的“良导点”，它们的位置与穴位位置吻合。此后不久，法国著名针灸学家尼伯亚特在助手的协助下，应用测定皮肤电阻方法证实了这一现象，并确定穴位电阻只有它周围皮肤电阻的一半。在尸体上进行的测量也获得同样的结果。50年代后期，我国学者有关穴位电生理的研究，也基本肯定了穴位具有低电阻高电位的特性。然而，据推测，全身穴位的总面积仅占体表的万分之四，而全身体表电阻的部位却很多，远远不限于穴位的地方。况且，如进食、睡眠、运动等生理活动，时序、季节、气温等外界环境改变以及精寸心理状态等诸多因素，都会影响皮肤电阻值。难怪上海市高血压研究所的研究人员感叹：以此(皮肤电阻测定法)测定经穴颇有困难。法国德拉·富耶花了五年时间，应用此法测定穴位，所得结果却与中国穴位大相径庭，不得不揪然中止这项研究。
也有人将古老的腧穴理论与现代医学理论比拟分析，力图用新理论、新概念阐释它们。譬如，电流刺激肌肤，被刺激的肌肉会产生收缩。用最弱电流刺激而产生最大肌肉收缩的体表部位叫运动点。美国学者金林对照运动点位置与传统穴位位置后提出，两者的分布近乎一致。日本的兵头正义与美国的弗罗斯特等人，则把穴位同触发点进行比较。触发点被认为是机体肌肉组织中的局部交性部位，具有深层组织敏感、结节及伴有放射痛的特点。虽然其产生机制尚不清楚，但是一般认为，它是由于疼痛或其他原因引起肌肉痉挛，内分泌失调或肌紧张造成的。针刺穴位时，由于组织间相互磨擦和金属针与组织电介质之间相互作用，会引起局部组织中肌肉纤维和神经纤维损伤。此外，两者的分布也略同。因此，他们认为穴位的某些特性与触发点极为相似。有人甚至认为，它们不过是同物异名罢了。还有研究报道，穴位和差电点、皮肤活动点等都有密切关系。这些多途径的研究，从侧面反映了穴位的特性，对于探明穴位的奥秘，无疑具有一定的参考价值。
又有人着力于研究穴位的形态结构，希望一举揭开穴位之谜。上海第一医学院的专家解剖观察尸体上324个穴位，发现99，6%的穴位与神经有关。他们进一步发现，经穴与相关脏器的神经分布往往属同一脊髓节段，表里两经的穴位也多隶属脊髓同一节段。日本学者森秀太郎证明，在全身穴位中，约有100个穴位组织深层穿行着神经束。穴位还与肌梭、神经腱梭、触觉小体、环层小体等感觉神经节细胞周围突末端的感受器有关。从发生学观点看，表皮与神经组织有着共同的起源。神经中枢存在各皮肤区域与内脏器官的投射点。因此，穴位与胚胎形态学之间可能有生物形成的相关作用。但是，也有研究得出相反的结论：穴位与非穴位组织均有神经纤维分布，它们在组织学上并无明显差异。至于穴位与非穴位区域下神经组织有什么不同，现在还不清楚。还有人报道，穴位与血管、淋巴管关系密切。日本西条一止应用红外线热像图摄影法观察到胸腹穴位区域皮肤温度比周围皮肤要高出0.5至1℃，他认为这是穴位下存在血管的缘故。有关解剖资料证实，许多穴位区域确实布有皮下静脉，或有深部血管贯穿。
